创新背景

Cre-loxP是一种位点特异的基因重组技术，被广泛应用于特异位点的基因敲除、基因插入、基因翻转和基因易位，在真核生物和原核生物中均有广泛应用。
基于Cre-loxP的基因打靶要分两步来进行。首先要在胚胎干细胞的基因组中引入loxP序列，这一步可以通过打靶载体的设计和对同源重组子的筛选来实现。下一步通过Cre介导的重组来实现靶基因的遗传修饰或改变。Cre-loxP系统既可以在细胞水平上用Cre重组酶表达质粒转染中靶细胞，通过识别loxP位点将抗性标记基因切除，又可以在个体水平上将重组杂合子小鼠与Cre转基因小鼠杂交，筛选子代小鼠就可得到删除外源标记基因的条件性敲除小鼠。或者将Cre基因置于可诱导的启动子控制下，通过诱导表达Cre重组酶而将loxP位点之间的基因切除（诱导性基因敲除），实现特定基因在特定时间或者组织中的失活。

CRISPR-Cas9基因编辑技术就是通过人工设计的 sgRNA（guide RNA）来识别目的基因组序列，并引导 Cas9 蛋白酶进行有效切割 DNA 双链，形成双链断裂，损伤后修复会造成基因敲除或敲入等，最终达到对基因组DNA 进行修饰的目的。
CRISPR-Cas9基因编辑技术被广泛应用于基因敲除（Knock-out）、基因敲入（Knock-in）、基因抑制或基因激活（Repression or Activation）、多重编辑（Multiplex Editing）、功能基因组筛选等。

创新过程

2022年7月22日，上海科技大学生命学院池天课题组在 Cell 期刊在线发表了题为：Large-scale multiplexed mosaic CRISPR perturbation in the whole organism 的研究论文，报道了一种崭新的小鼠基因打靶技术——iMAP（inducible Mosaic Animal for Perturbation），快速鉴定了90个基因在39种组织的基本功能，构建了世界首张小鼠“扰动图谱”。

早在2001年，国际人类基因组计划就公布了人类基因组序列。但目前为止，约2万个哺乳动物蛋白编码基因在500多种细胞中的功能仍鲜为人知。
要解码这些基因的细胞特异性功能，必须将其分别在各种细胞中敲除（扰动）再鉴定其细胞表型，即描绘 “扰动图谱”。但用传统的基因打靶方法，无法快速有效地描绘扰动图谱，成为功能基因组学领域久攻不下的瓶颈。

池天课题组里程碑式的成果为突破上述瓶颈、系统性解码全部基因在各种细胞中的功能，迈出了关键一步。

iMAP融合了Cre-loxP和CRISPR-Cas9技术，其核心组成部分是一个转基因序列，它由U6启动子和下游一串gRNA表达单位构成。转基因通常只表达第⼀个sgRNA，而利用药物（他莫昔芬）激活Cre，导致转基因重组，可使其余的sgRNA也得以表达，但每个细胞只随机表达其中⼀个。这些sgRNA可在Cas9的帮助下敲除相应的靶基因，从而将小鼠转化为嵌合体。利用这种嵌合体，可同时鉴定多个基因分别在多种细胞里的功能，也可衍生出多种传统的单基因敲除品系用于后续实验。

研究团队首先构建了一个iMAP品系，它携带61个gRNA 表达单位，共靶向6个功能已知的标志基因。该品系证明了iMAP的鲁棒性，包括展示转基因起码能稳定传13代。随后构建的iMAP品系携带100个gRNA表达单位，靶向90个功能不甚清晰的基因，以此构建了一个微型扰动图谱，揭示了这90个基因分别在39个组织/细胞中对细胞存活、扩增、分化的影响。

研究团队还进一步通过简单的配繁，从iMAP鼠衍生出多个传统的单基因敲除品系，证明了iMAP 的另一重要用途。

创新关键点

研究团队提出了一种崭新的小鼠基因打靶技术——iMAP，其iMAP品系携带100个gRNA表达单位，靶向90个功能不甚清晰的基因，以此构建了一个微型扰动图谱，揭示了这90个基因分别在39个组织/细胞中对细胞存活、扩增、分化的影响。